Вооруженные силы Абхазии создавались в сложной общественно-политической обстановке, в условиях жестокой войны за независимость республики.

Становление Абхазской армии берет начало с формирования Отдельного полка внутренних войск, который возглавили подполковник милиции Гиви Агрба и майор милиции Вахтанг Цугба. Среди тех, кто стоял у истоков создания этого полка, были офицеры Владимир Аршба, Денвар Асландзия, Юрий Романов, Батал Джопуа, Беслан Цвижба, Валерий Делба, Рауль Муцба, Сергей Аршба, Нури Багателия, Вианор Ашба и многие другие.

14 августа 1992 года войска Госсовета Грузии вторглись на территорию Абхазии. Их целью было уничтожение государственности Абхазии. Первыми оказали сопротивление врагу и остановили продвижение войск агрессора бойцы и командиры Отдельного полка внутренних войск.

18 августа 1992 года Президиум Верховного Совета РА принял решение о создании Государственного комитета обороны под председательством Владислава Ардзинба. Военными вопросами комитета занимались Султан Сосналиев, Алик Айба и другие. В руках ГКО сосредоточилась вся полнота власти по обороне республики.

3 сентября 1992 года в Москве было подписано трехстороннее соглашение между Россией, Грузией и Абхазией о выводе грузинских войск из Абхазии. Грузинская сторона всячески игнорировала  выполнение подписанного документа и первой  нарушила заключенное перемирие.

2 октября 1992 года абхазские вооруженные формирования совместно с добровольческими отрядами перешли в наступление и освободили г. Гагру, а 6 октября – всю северо-западную часть Абхазии. Это была первая крупная победа.

В целях создания боеспособной регулярной армии 11 октября 1992 года были учреждены Министерство обороны и Генеральный штаб Вооруженных сил РА. Исполняющим обязанности министра обороны был назначен полковник Владимир  Аршба, а начальником Генерального штаба – полковник Султан Сосналиев.

8 января 1993 года Президиум Верховного Совета принял постановление о назначении Председателя Верховного Совета Владислава Ардзинба главнокомандующим Вооруженными силами РА. В ходе войны сложилась хорошо отлаженная структура высших органов управления. Параллельно с созданием структуры управления Минобороны, шел процесс создания родов войск и специальных войск.

В разные периоды времени министерство обороны возглавляли высококвалифицированные военачальники: Владимир Аршба, Султан Сосналиев, Владимир Миканба, Рауль Хаджимба, Вячеслав Эшба, Мираб Кишмария. Каждый из них внес весомый вклад в укрепление обороноспособности страны. Сейчас Минобороны возглавляет генерал-полковник Владимир Ануа.

За последние годы заметно повысились интенсивность и качество боевой подготовки, совершенствуется и укрепляется материально-техническая база. Воины ВС РА  совершенствуют боевое мастерство и выучку. Систематически проводятся тактические и тактико-специальные учения, командно-штабные и мобилизационные тренировки. Их результаты показывают возросший уровень подготовки органов управления, штабов, воинских частей и военных комиссариатов.

В целях повышения эффективности Вооруженных сил основное внимание уделяется не только оснащению их современным оружием, но и комплектованию опытными профессиональными кадрами.

По сообщению министра обороны Владимира Ануа, с 2020 по 2024 год военный бюджет Минобороны увеличился в два раза.

В 2024 году, в соответствии с приказами главнокомандующего Вооруженными силами, президента Аслана Бжания,  было проведено усовершенствование организационно-штатной структуры, наращивание боевого состава армии, направленное на внедрение новых способов ведения боевых действий, адаптацию войск к современным условиям вооруженного противоборства, повышение боевого потенциала Вооруженных сил республики.