В августе 1989 года представители кавказских национальных движений провели в Сухуме I съезд народов Кавказа, где создали Ассамблею горских народов Кавказа. С 13 по 14 октября 1990 года в Нальчике прошел II съезд горских народов Кавказа, на котором было объявлено, что организация является правопреемницей Горской республики, провозглашенной в 1918 году. Тогда в Горскую республику вошли республики Северного Кавказа и Абхазия.
На прошедшем 1-2 ноября 1991 года III съезде в Сухуме представители двенадцати народов Кавказа подписали Договор и приняли Декларацию о конфедеративном союзе горских народов Кавказа, а также решили сформировать Кавказский парламент, Третейский суд, Комитет обороны и другие структуры. Штаб-квартирой Конфедерации была определена столица Абхазии Сухум.
Представители Конфедерации принимали активное участие в Отечественной войне народа Абхазии 1992 - 1993 гг. 15 августа 1992 года группа конфедератов во главе с председателем Комитета самообороны КГНК Султаном Сосналиевым, прорвавшись через позиции грузинских войск на реке Псоу, прибыла в Гудауту. Добровольцы с Северного Кавказа внесли ощутимый вклад в победу народа Абхазии в войне.
